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AFP是比较有价值的肝癌和生殖细胞瘤肿瘤标志物。在原发性肝癌中特异性很高，阳性率达70%。除肝癌之外，内胚窦癌、畸胎瘤、睾丸癌、卵巢癌、胃癌伴肝转移者AFP也会升高，病毒性肝炎、肝硬化患者绝大部分也会出现AFP升高，但不会超过400ng/ml。
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